结构筛酶特别篇-4. 底物与酶的对接

千姿百态

在前几章中，我们已经完成了所有的预处理工作，这一过程的确耗费了大量的精力和时间。现在，我们将进入到真正的对接阶段。对接的本质在于预测底物与酶的结合模式，但实际操作中会遇到诸多问题：
酶与底物结合时会发生动态变化，这种变化不仅发生在酶上，也发生在底物的结构上。
对接的目标是找到使底物与酶能量最低的结合模式，这一特性对酶活性的预测并不友好。我们需要的是催化效果，而非简单的结合。
尽管存在这些问题，但是你没有办法，你只能原谅他，然后含泪使用他。因为这些问题解决成本真的太高了。
接下来我来具体讲一下对接方法
接下来，我将详细介绍对接的方法。在这里，我推荐使用AutoDock Vina，因为它的使用既免费又方便（详细的安装方法可参见技术篇AutoDock的安装）。
1、新建名为vina的文件夹
文件夹的创建必须在英文状态下进行，且应在软件安装的路径中创建。文件夹中包含六个必要文件：酶结构文件（pdb格式）、底物文件（mol2格式）、对接脚本config.txt、对接插件vina和vina_split应用程序，以及vina_license的RTF文件。请务必检查这五个文件都存在，缺一不可，否则软件无法正常运行。
2、酶结构处理
首先在分子对接前需要处理蛋白分子，将蛋白分子导入AutoDock软件中，然后需删除蛋白中的水分子，并加入非极性氢，处理完成后将蛋白分子保存成*.pdbqt格式文件备用。
第一步：打开主软件


第二步：导入蛋白分子


第三步蛋白处理


点击Edit—删除水分子—添加极性氢—OK








保存到vina文件夹中生成pdbqt文件备用
3、底物结构处理
然后将底物导入AutoDock软件中


，逐步操作Torsion Tree , 生成*. pdbqt文件保存至Vina文件夹下备用






4、 分子对接
根据催化活性部位调整对接盒子大小，主要调整x,y,z坐标，盒子在可以容纳底物小分子的情况下越小越好。注意主软件可最小化，后台运行即可。


将参数改写在对接脚本config.txt中，
脚本内容如下：
receptor = LAAD.pdbqt
ligand = L.pdbqt
center_x = 9.424
center_y = 23.422
center_z = -27.595
size_x = 15
size_y = 15
size_z = 15
改写好脚本后保存脚本，在电脑搜索框输入cmd然后回车


下面为正确命令cd /d 文件路径回车


回车后输入>vina.exe --config config.txt
下面是对接结果（建议截图保存）


对接结果为L_out.pdbqt文件，可以使用Pymol选择最佳构象



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