如何证明小分子化合物和靶蛋白结合上了?

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本人是某药物所的学生，最近合成了一批表型活性较高的化合物，但是无法确证化合物和蛋白是否结合

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如果蛋白是确定的，那么最直接和经典的方案就是做SPR啦。如果两者的结构都是已知的，不想做实验话，也可以通过分子对接去大致判断一下。此外，IP也是可以实现这个研究目的的。

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CETSA跑胶就行，纯化的蛋白可以考染，没纯化用抗体WB
找靶点可以用质谱，小分子结合了蛋白会改变蛋白的理化性质或表位结构，比如热蛋白质组学分析（thermal proteome profiling，TPP），是基于蛋白和活性分子的结合可以稳定蛋白，减少蛋白随温度升高产生的聚沉这一原理，发展出来的用于鉴定活性分子靶标蛋白的蛋白质组学方法。该方法通过测定加药前后，不同加热温度下蛋白在蛋白溶液中的相对含量，绘制蛋白随温度变化的溶解曲线，计算蛋白聚沉50%时的温度（melting temperature，Tm），Tm在加药后发生变化的蛋白被认为是活性分子的潜在靶标蛋白，也可以通过不同的药物浓度梯度和温度梯度的结合，鉴定每个潜在的靶标蛋白对药物分子的亲和力。以此为基础有很多方法，我推荐最省钱的PISA。
类似热稳定性的方法还有药物亲和性响应靶点稳定性方法（DARTS/LiP），通过氧化比率检测蛋白的稳定性（SPROX），化学变性和蛋白沉淀（CPP），溶剂诱导的蛋白沉淀（SIP）。都是基于蛋白和活性分子的结合改变蛋白理化性质然后用组学方法捕获差异，均可用于鉴定小分子靶点，也可以用于翻译后修饰及蛋白复合体研究。其中限制性酶解-质谱分析技术(Limited proteolysis mass spectrometry, LiP-MS)基于小分子结合改变表位构象，在限制性酶解中产生肽段水平差异，进一步提供小分子结合位点的证据信息。

检验医师

有多种方法可以确定化合物与蛋白的结合。常用的方法包括：
1. 分子动力学模拟：是一种用于研究物质动态行为的计算方法。它利用了物理学和化学的原理来模拟分子运动的轨迹，可以用来研究分子之间相互作用的动态过程，如分子间相互作用力，分子间碰撞的能量转移等。因此可以通过对化合物和蛋白进行分子动力学模拟来确定它们之间的相互作用。常用的软件有：GROMACS、AMBER、CHARMM、NAMD等。
2. 表面等离子体共振(SPR)：是一种高灵敏度和实时性检测蛋白质和小分子结合的方法，在生物医药领域有着重要的应用。原理是将蛋白质或小分子固定在金属表面上，再将另一种分子流入观察区域，分子间相互作用会影响表面等离子体共振的特性，通过测量这些特性的变化，可以检测分子间相互作用。SPR实验是一种灵敏的、实时的检测方法，可以在低摩尔浓度下检测分子间相互作用，并且不会干扰分子的结构和功能。但需要注意的是，这种方法需要较为复杂的硬件设备和软件程序，并且对于非金属表面上的分子不能进行检测。另外，SPR实验需要对分子进行固定，这可能影响分子间相互作用的特性。
3. 荧光共振能量转移(FRET)：是一种利用光学原理来研究分子间相互作用的技术。FRET是指一个分子（发荧分子）的荧光能量被另一个分子（接受分子）吸收，从而使发荧分子的荧光强度降低的现象。FRET可以用来检测蛋白质和小分子之间的结合。这种方法通常是将小分子标记为接受分子，将蛋白质标记为发射分子，然后观察小分子和蛋白质之间的FRET效率。当小分子和蛋白质结合后，FRET效率会发生变化。这种方法的优点是可以在体外或体内进行，可以研究结合过程的动态变化，并且不会干扰分子的结构和功能。缺点是需要足够精确的定位和定量，并且需要在FRET效率变化和结合关系之间建立足够的关联。
4. X射线结晶学：是一种利用X射线结晶衍射原理来研究物质结构的技术，可以用于研究小分子与蛋白质之间的相互作用。这种方法通常需要先将小分子与蛋白质结合后再进行晶体培养和X射线衍射。虽然这种方法可以得到高分辨率的结构模型，但是需要注意结合条件可能会影响到复合物结构, 且小分子与蛋白结合后能不能形成晶体是一个问题。需要注意的是X射线结晶学是需要很高纯度的样品, 小分子和蛋白质的浓度需要很高，并且需要对样品进行严格的净化和纯化工作，来保证样品质量和衍射数据的准确性。还有, X射线结晶学还需要足够大的晶体，而且晶体形成过程中需要较长的时间, 这可能导致研究过程缓慢. 另外X射线结晶学的成像能力有限, 仅能提供分子的平面结构信息，而不能提供分子立体结构信息。
5. 核磁共振氢解质谱(NMR Spectroscopy)：是一种利用核磁共振(NMR)技术来研究物质结构和动态的分析技术，主要通过测量氢原子的NMR信号来研究物质的结构和动态，用于研究蛋白质和核酸的结构和功能, 因为它们含有大量的氢原子。通过测量蛋白质和核酸中氢原子的NMR信号，可以确定它们的空间结构，探究它们与其他分子之间的相互作用。
6. 免疫荧光（IF）: 使用免疫荧光技术可以将小分子或蛋白质标记为免疫荧光探针，然后观察小分子和蛋白质之间的相互作用。
7. 荧光素酶促还原（BERA）：使用荧光素酶促还原技术可以将小分子或蛋白质标记为荧光探针，然后观察小分子和蛋白质之间的相互作用。
8. 荧光酶联免疫吸附分析（ELISA）：使用荧光酶联免疫吸附分析可以研究小分子和蛋白质之间的结合关系。
9. 荧光原位杂交（FISH）: 使用荧光原位杂交技术可以将小分子或蛋白质标记为荧光探针，然后观察小分子和蛋白质之间的相互作用。
10. 荧光滴定法: 荧光滴定法是一种研究蛋白与小分子结合的生物化学方法，通过改变pH值或离子浓度来改变蛋白和小分子结合状态，通过荧光滴定法来测定蛋白质和小分子的结合状态。
这些方法都有各自的优缺点，在研究蛋白质和小分子相互作用时，应根据具体研究目的和样品特点来选择最适合的方法。

队长是我

请问，哈哈哈，找到好的方式了嘛，而且共结晶玩，表征结构是用x射线或者核磁共振嘛

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蛋白和化合物共结晶，然后解出结构 这个最powerful