如何告别盲目解读，快速获取有效信息，避免陷入到晦涩难懂的参数中，快速明确责任病原体，为临床精准治疗提供有效的病原信息？本期以“临床导向，分布筛选”，梳理mNGS报告6步解读逻辑：不同病原微生物，在不同的身体部位，致病能力差异很大。- 肠道正常的菌在血液里，可能是感染；肺部正常菌在脑脊液中，那就是灾难
- 痤疮丙酸杆菌是皮肤中常见的定植菌，却是假体关节感染的常见致病菌
了解标本类型，是筛除常见定植菌、判定机会致病病原体，进一步明确责任病原体的重要前提2023年8月，中华血液学杂志》发表的的“宏基因组二代测序技术在血液病患者感染病原诊断中的应用中国专家共识（2023年版）”更加直观的对比，同一个病原微生物，在不同标本类型中致病性存在显著差异。
脱离临床标本类型，谈定植与感染没有意义 当然，关注标本类型，也不仅是在解读mNGS报告的时候 更关键，前置到从标本采集的时候就应该特别重视：采集病灶部分标本，标本中有微生物，是mNGS能检出目标微生物的客观基础。 - DNA流程：检测DNA病原体（细菌、真菌、DNA病毒与寄生虫）
按照病原体的致病性，一般分为三类：
致病性微生物：极少定植，阳性结果多考虑为导至感染的病原 条件致病微生物：需结合患者免疫状态等因素评估，进一步判断是否致病 定植微生物： 定植微生物多不考虑致病，但在某些特定情况（比如吸入性肺炎、肺脓肿、脓胸、脑脓肿等），也可能考虑致病。
中枢神经系统感染与血流感染，脑脊液与血液属于无菌体液，标本类型单一。但在标本采集时，可能会引入皮肤或环境微生物的干扰（建立背景微生物数据库是非常重要）。 因此，无菌体液样本中，致病性明确且罕见定植的微生物，需要考虑其致病可能。 呼吸道感染，作为有菌部位，标本类型更加多样化，比如BALF、痰液、鼻咽拭子等，很可能同时存在致病与条件致病微生物，及定植微生物。需要考虑的因素更加复杂。 熟悉呼吸道感染中常见微生物的致病性分类，有助于快速筛选责任病原微生物。
mNGS报告解读真正的艺术：检测结果需要结合患者的复杂临床症状进行综合评估这是非常重要且正确的原则，也是极其考验能力的标准（临床决断）- 同菌不同命：同一种病原体在不同患者中，是定植还是感染的可能性差异很大
- 异菌同症状：导至患者感染的临床症状有可能是极其类似的
不能仅依赖于mNGS检测结果指导患者的抗感染治疗，需要充分结合患者的临床表现及其他检测结果进行综合判断。必要时需多学科讨论，以提升诊断准确性。 比如： 建立“宿主-病原-标本”的三维评估
不再简单地问“这个病原体是否阳性？”，而要问“鉴于患者的临床表现，这个病原体是责任元凶的可能性有多大？” mNGS报告中一般涉及到量化的参数，主要两个：序列数、相对丰度“序列数”，从序列水平体现了对病原体鉴定结果的最直接支持证据条件致病微生物与定植菌，本身致病能力相对有限的前提下，其致病能力需要一定的病原体载量积累。因此，当相对丰度数值较大时，提示需要结合患者的临床表现，评估它们的致病能力，这个逻辑是没有错的。导至mNGS检出“序列数”的因素有很多：病原体载量低、难提取病原体（包括难破壁、易降解等）、富集程度、生信分析或数据库等- 特殊病原体：对于有临床重要意义的病原体，比如结核，在排除强阳性污染或背景干扰等因素的情况下，即使检出1条序列，也可以考虑判读为阳性
- 其他方法验证：当难以判断其临床意义时，可以采用其他方法先验证检出结果的可靠性，比如培养、PCR或抗原抗体检测，再结合临床进行分析。
- 多样本检出：当同一个患者，同时送检两份不同类型的标本，并检出同一种病原体时，其可信度更高，需要考虑其临床意义。或者，再次送检复测，看结果是否一致。
也就是说，以患者的感染临床症状来评价的话，mNGS未能检出感染致病微生物，是假阴性结果。
需要考虑追踪mNGS检测的原始数据列表，结合患者的临床资料，查找可能的致病微生物。但是，需要特别注意的是，查找原始列表中的物种仍需谨慎- 试剂背景菌，比如甲基杆菌属、代尔夫特菌属、伯克霍尔德菌属（当检出类鼻疽、洋葱或新洋葱伯克霍尔德菌，符合报出规则时，建议报出并考虑其致病性）等几乎伴随mNGS检测常在（再次提示建立背景菌数据库的重要性）。
- 同属不同种，与排名TOP1/2物种序列数差异较大，且排名靠后的微生物，通常考虑是基因组序列相似性导至的非特异性比对结果，真实性较低。
- 定向验证：当在原始列表中发现疑似病原体，建议回到传统方法再验证。
mNGS以极大的视野，提供了前所未有的微生物“线索” 但最终赋予这份报告临床价值和意义的，是临床医生基于全面临床信息的批判性思维和决策能力。 这正是多篇mNGS专家共识反复强调的“综合判断”与“多学科协作（MDT）”的根本原因。 临床表现-病原体-标本类型，三者的吻合度越高，临床意义越大
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