如何评价南科大/瀚海基因推出第三代基因测序仪GenoCare？

笑看风云

南科大发布孔雀团队第三代基因测序仪重大成果 - 新闻信息 - 南方科技大学
瀚海基因推出第三代基因测序仪 成本锐降
第三代基因测序仪在深圳诞生-新华网

原文地址：https://www.zhihu.com/question/63333982

卡卡

瀚海基因走的是先融资，然后用融资的钱来招人来进行研发的路子，技术是有的（经过加州理工专利授权），不过没有任何优势，原来的母公司Helicos已经破产，因为测序读长短(30bp)，仪器又贵，没人用（售出不超过10台）。但是这种测序技术仍然被有些人坚持着，国外公司叫SEQHLL，国内的就是瀚海基因。
相比较illumina和Pacbio的四色荧光碱基区分，Helicos技术采用是按照一定的顺序依次渗入红色荧光标记ATCG四种碱基，illumina和Pacbio一轮就可以区分一个碱基类型，而Helicos技术需要经过4轮才可以区分一个碱基类型，时间大大延长，但是从贺老师发表的最新文章上，是否可以推测贺老师也改用多色荧光标记来区分碱基（图片上可以看出最少用了三色，如果绿色作为锚定，那么最少用黄和红两种颜色来区分，这种形式可能类似illumina最新的iseq100双标记区分四种碱基系统）？


目前来说，Helicos技术优势在于建库简单，可以马上上机测序，这个是优于illumina、pacbio、oxford，而且贺老师将测序仪定位在临床，速度是很快的，但是测序读长太短，只能检测一些突变位点，对于结构变异等检测是无能为力的。

再说一下本人对3代测序仪市场预测
Pacbio是主流，针对工业级客户；牛津纳米孔会被淘汰；瀚海基因可能会发布小型测序仪，用于单基因遗传病的检测，占领我国部分医院检验科市场。为什么对牛津纳米孔不看好，大家可以参考下面一些新闻（包括中国买家的评价、牛津纳米孔员工的评价）：

清风寡欲

• GenoCare的的技术是基于Helico的，测序原理楼上诸位老师已经说得很清楚，错误率可以降下来，但是长度应该不会再有数量级的提升，大概就是个200bp左右。
  
• 现在的报道应用主要集中在医学领域，最近刚出的新闻是应用在NIPT，200bp长度是够的。但是如果要是测癌症的somatic mutation 0.1%的错误率还是高，还是要想办法解决。现在二代测序是有办法通过建库方法（O2N-Seq）把错误率降到10E-6。
  

下面是发在 bioRxiv的文章内容截取：



GenoCare测序的错误没有显著的bias



建库片段200bp的时候，用DNA建库测序的长度分布图

从实际公开的数据，我们发现，目前GenoCare的测序长度还是太短了。中位数目测只有30-60bp左右。

大力水手

2018年11月30日更新——————
正义只会迟到，但从不会缺席！
瀚海已经把自己玩完，疯投们赶紧撤资撤退吧，南科大也有脱不了的干系。





2018年11月28日更新——————
贺在基因编辑大会终于露脸了，基因编辑实验中的检测使用居然是瀚海的机器？！这种技术测测细菌真菌还行，你拿来测人的全基因组？以目前的水平，我觉得是这种数据几乎没有说服力，继续观察事件发展。
2018年11月26日更新——————
没想到去年diss过这货后今年居然丧心病狂变本加厉，搞伪三代测序技术的瀚海已经满足不了贺建奎扭曲变态的心了，这个心术不正的基因编辑门外汉开始妄想抢夺基因编辑的果实，居然敢直接用人的胚胎编辑基因并且还产下婴儿，还大言不惭的说抢占技术制高点。我想请问，哪个技术细节是你原创的？如何通过伦理审查和法律法规的？
消息发布后，张峰表示很吃惊，因为这货在今年8月拜访过张峰，讨教如何在胚胎基因编辑中降低off-target的方法，张峰直接跟他说目前还不能将基因编辑应用到人类，因为效率和精确度均不够。但这货已经启动人类胚胎编辑的罪行丝毫没有透露。
科学共同体必将捍卫学术的尊严，人类共同体必将死守生命的价值，等待审判吧
相关新闻：https://mp.weixin.qq.com/s/Lk9B6MK8qmDJ1b9yCmC9ZQ
------------------以下为2017年9月原答案
澄清一下，这个技术已经被淘汰了，而且是伪三代。卖力捧场的辛苦了，个人觉得这个技术活不了多久。
我就批判些说吧，这个技术是来自Jiankui He的（博士还是博后，不记得了）老板Dr. Suhaib Siddiqi，他发明了这个技术并且在2003年成立了Helicos BioSciences Corp公司，然而，这个公司在2012年宣布破产！
然后，这个技术居然5年后特么在中国复活了？？？原来是Siddiqi的中国弟子从美国引进的“先进三代测序技术”！我们来仔细看一下这个技术：单分子直接测序是不错，但读长为200bp？excuse me？现在的三代测序读长不超过5k都不好意思拿出来说事，其实看到读长我们也就知道这其实是二代测序的水准，只是原理不同而已；但是，测序深度是三代的特点——低深度，高error，所以发表的非同行评议paper中只能测测细菌，十几倍的深度居然还敢和Illumina对比（见下图），勇气可嘉！就这种测序深度的数据敢拿到临床上用？人家可是至少要>95%的区域平均20x depth！
懂行的人都去看看原文和技术细节吧，不懂的人就别跟风起哄了。华大买过来的技术比这成熟不知多少都没法降低成本市场化。更正，目前BGIseq已经上市，华大好样的！
吹得响是资本市场的狂欢而已，以上
好久没来知乎了居然要实名认证？果断匿了

长长的路

之前，参与过入股瀚海基因的项目，不能透露太多，稍微说两句较为公开的吧。
技术上，严格来说不是三代，是2.5代，而且美国类似的技术公司，也可以看做上是helicos的中国版。
商业上，工程化太远，做出样机不代表工程化上面没问题，我们本来想帮助瀚海做工程化来着，瀚海最初也觉得我们靠谱，不过后头瀚海不知道什么想法，对我们意向不大，我们也觉得还需要考虑，就不了了之了。
贺老师本人还是很有才华的，虽然头发有点散乱，不过也符合他科学家的形象哈哈哈哈哈。他的野心和规划也很大，但是我觉得略微有点不现实。
现在不是很看好，技术上没有特别领先，工程化又面临困难。不过谁知道未来如何呢？虽然没能成功合作，但是还是祝他能够成功为好。也希望能够被打脸。毕竟出一款国产的测序仪，真心不容易。

清风寡欲

可以去看看论文，虽然不是同行评审的，但贺老师还是比较详细的描述了样品制备、测序和数据的基本情况。
在BioRxiv上有两篇GenoCare的论文：
1. 7月13日的，最新的：Resequencing the Escherichia coli genome by GenoCare single molecule sequencing platform，也是在这篇文章出来之后开的发布会。
2. 5月3日的，测的是M13病毒：Single Molecule Sequencing Of M13 Virus Genome Without Amplification
从最新的文章来看，样品制备和测序的时间加起来约一天，mapped的平均读长约29bp。但可能是因为读长太短，unique比对上去的比例约31%。
论文里指出的优势：1. 增加循环次数，读长还有希望增加；2. 有可能直接测RNA；3. flow cell的通量还有潜力可挖。
论文不细说了，对这个感兴趣的应该都能自己看。下面是个人看法。
除了华大的BGISEQ系列，这是我唯一见过具体技术参数和数据分析结果的国产测序仪。即使是基于一项老的基础技术，但这个事情依然很难，甚至我觉得在商业上大概率会失败。但这样的基础设施的事情依然值得去做，也值得国家去投入，我顶贺建奎老师。
BGISEQ从收购到吸收，到现在大量的商业化，也是从各种惨不忍睹走来的。