关于染色体构象捕获技术原理？

balabala

对于3C 技术中无法理解为什么用到PCR，这里PCR扩增的是什么？如何理解PCR在这里的运用？
原文地址：https://www.zhihu.com/question/46367145

检验医师

PCR扩增的是抓下来的有相互作用的序列，有公共接头的话可以作为建库的一步。这一步扩增是个倍增放大器，要把信号放大到测序可以测出来的地步。同时，放大的保真性要求很高，普通Taq酶是不推荐的。不过，本身PCR就可以玩出花来，你也可以针对感兴趣的方向玩一玩技术。
祝开心。

检验医师

我认真读了几次问题的描述，还是看不懂你想问什么。3C不用PCR检测用什么？两个ligate到一起的target sequence自己发光吗？那你可以用FISH或者尝试用两种依赖不同PAM的cas9荧光标记两处DNA序列实时定位interaction变化（我就是说说，这想法坑我了几个月:p)

长长的路

实际操作中，交联和连接效率都很低，投入上千万的细胞也只能抓到一点点DNA，不足以直接分析，材料成本也不允许，要靠PCR扩增一下信号。
另外在一些应用中会涉及到环状DNA，需要PCR转成线性的方便测序。
但是PCR也会放大信号噪音，所以PCR的循环数是要优化一下的