生物信息学预测蛋白质难吗?

虎威将军

生物信息学预测蛋白质难吗?
原文地址：https://www.zhihu.com/question/329056155

长长的路

Hmmer + Pfam 拿好不送
http://hmmer.org
https://pfam.xfam.org

长长的路

你指的是预测dna序列上有哪些蛋白质，还是预测蛋白质序列的结构？
至少对于原核生物，前者是非常简单的，不光是蛋白质，有挺多网站能做基因组注释全套。

清风寡欲

找一个计算生物学方向的合作者就不难了啊~



比如我

<hr/>实际上，讨论难不难这样的问题，不如说看你想做到什么程度。
最简单的，只要在线提交一个序列，网站会帮你做好所有的事情，只要等待结果就可以了，这样的Sever有很多，比如：
SwissModel：最受欢迎的建模网站之一，操作巨简单，还能给你一定的选择空间，超棒（狗头）
SWISS-MODEL
Robetta：Rosetta的简易版，提供了从头建模的选项和Domain predict的选项，可以随你心意选择不同的建模方式，
http://new.robetta.org/submit.php
给小白推荐东西，最忌没有提到某位大佬的名字，然后被大佬抓到，为了避免这样的问题，有个很贴心的网站做了一个集成，
https://www.proteinmodelportal.org/
OK，只要把你想建模的序列输进去，他就会告诉有哪些结构和你的这个序列重合，有哪些人在哪里建的模型和你的这个差不多……



绿色的是晶体结构的重合区域，蓝色的是建的模型，你一般不会碰到同源性这么差的序列

如果你对结果不满意，他还为你提供了自己建模的选项：



OK 又是一个Submit的入口

点击Submit，下拉，你会看到目前主流的在线sever可以帮你建模：



这个网站可以帮你一键向所有sever提交，不过暂时不能用了

除此之外，还有一些其他的骚操作。
比如运用共进化来进行建模，或者提高建模的精准度：
EVcouplings
<hr/>然而，我们的要求往往没有那么简单……
不过这是对于我们做计算生物学的同学们的要求了，对于题主，我想上面的内容就已经足够了，如果不够，你还可以找个做计算的合作一下嘛~
计算生物学能为生命科学研究做些什么？


另外，如果你想自己选择模板做同源建模，推荐使用HHPred做一下同源模板的查找：
做同源模建怎么在blast上面搜索模板蛋白？
<hr/>欢迎关注我们的专栏，获取更多干货内容！孢子学院的生物学
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继续前进

预测的可以是蛋白质结构，相互作用，结合位点，结合自由能，hotspot等。你说预测蛋白质，这都没问到点上，怎么回答你

同花顺

你指的是生信方法预测蛋白三维结构吗？同源建模的话，受数据库里已知结构的影响很大，细节上往往不准确，而且如果你关心的蛋白恰好和同源蛋白在主链走向上有分歧的话，做出来的结果可信度会出问题。