40%消费级基因检测可能是错的，大部分与癌症有关！

青草

随着测序技术的进步，人类正在试图解读自己，医生通过基因测序对患者进行快速的诊断，普通人则希望解开“身世”之谜：了解家族历史、遗传疾病潜在风险，更好的规划生活，规范行为，这一需求促使着直接面向顾客（direct-to-consumer，DTC）类测序服务的飞速发展，数以百万计的消费者向生物技术公司提供一点唾液来获得自身部分的遗传信息。
但是，根据发表在 3 月份 Nature 子刊 《Genetics in Medicine》上的一份研究显示 40 %的消费级基因检测可能是错的，其中大部分与癌症有关。


图 | 左图显示了 49 例 DTC 数据中有 60% 为真实的致病突变，40% 为假阳性；右图显示了与假阳性病例有关的基因，以及此次试验中这些基因出现的次数
虽然此次研究的样本量小，但首次揭示了 DTC 测试的解读与实验室诊断性基因测试的巨大差异，也提醒消费者不要过度依赖商业测序结果，当出现负面结果时不要过度惊慌，应及时与医生沟通，选择进一步的临床医疗诊断。
测序的原始数据（raw data）对于普通人来说简直可以算得上是天书，没有专业的解读，原始的基因位点信息对于普通消费者来说几乎没有任何价值，而目前 FDA 也禁止大多数 DTC 公司提供诊断性的基因检测。


图丨此次研究的论文
但是现在，消费者可以通过相应的测序公司或其他第三方公司，根据原始数据为其提供基因分型信息，得知获得某种疾病的潜在风险。但由于缺少临床试验确认，误读再所难免，可如果说误读居然达到 40%，我们又该如何理性看待呢？
蓬勃发展的测序市场，真假如何？
证明结果是不是可信，要用数据来说话。

在此次研究中，基因诊断公司 Ambry Genetics 的研究人员重新分析了 49 例 DTC 的原始数据，并与临床试验数据进行比对。结果发现，只有 60% 的致病突变为真实的，其余 40% 为假阳性，其中绝大多数都是与癌症相关的基因。除此之外，一些被认定为“高危突变”的基因也被重新认定为良性的“常见突变”。
一般来说，原始数据的解读很大程度上依赖于数据库的大小与质量（FDA 并不允许商业测序公司提供健康诊断），消费者对应的人种在数据库中的数据越少，报告的可信度就越低，一些情况下，如果第三方解读公司选择的数据库质量不佳失之毫厘，最终的报告结果很可能就谬以千里了。


该文章的第一作者、Ambry遗传咨询师Stephany Leigh Tandy-Connor在一份声明中表示，在这项特定研究中，假阳性率如此之高是出乎他们意料的，这也让他们对现今DTC基因检测的准确性感到担忧。
注：Ambry Genetics 是最大、发展最快的基因检测公司之一，临床基因诊断和遗传学软件解决方案的领导者，拥有 AmbryShare（http://www.AmbryShare.com）疾病特异性基因组测序公共数据库。
本研究由 Ambry Genetics 研究人员完成。
而这些错误也提醒我们正视专家及咨询师数年来对公众提出的警告：直接面向消费者的基因测序结果应该在专家的协助下解读，尤其在设计疾病风险时，更需要进行进一步的临床检测。由于疾病是由于基因、环境及生活方式共同作用，遗传风险并不能“一锤定音”。
尽管此次研究并未提及初始报告的给出公司，但也实在是不难猜测，因为如今 DTC 商业测试市场上拨弄风云的也不外乎就是这几家公司：Family Tree DNA, My Heritage, 23andMe, ancestry. com。
单就 23andMe 这家公司而言，这几年可谓风光无限。这家位于美国加州的基因检测公司累计融资超过 7 亿美元，估值超过 10 亿美元，在多年的经营中，已累积超过二百万名顾客，超过 2 亿美元的收入。预计在未来 5 年内，DTC 测序市场的规模将达到 3.4 亿美元。
只要愿意付出 79 美元和几口唾沫，消费者就会得到家族历史的遗传信息，如果愿意再掏出 80 美元，你将在原始数据的基础上获得多项解读，包括遗传健康风险、血统信息、健康状况等。如果同时获取配偶的具体情况，甚至可以算出孩子患有遗传疾病的概率。
而 23andMe 这只独角兽也表明了当仁不让的态度：2015 年，美国食品及药物管理局（FDA）批准第一个面向消费者的遗传病基因（Bloom 综合征）检测，该服务由 23andMe 提供；2017 年，FDA 批准首个面向消费者的 10 项疾病的基因检测，并授权 23andMe 进行检测，值得一提的是，23andMe 也是唯一一家获 FDA 批准的直接面向消费者的基因检测公司。
今年 3 月，美国 FDA 宣布 23andMe 获得首个直接面向消费者的癌症风险基因检测授权，主要针对与乳腺癌、卵巢癌和前列腺癌风险相关特定突变基因的检测。这种试剂盒可以检测三种已知可以使人患癌症的基因突变，但仍有数百种的其他突变并未参与检测。
而 23andMe 首席执行官兼联合创始人 Anne Wojcicki 则表示，公司提供的DTC基因检测结果与DNA测序技术的金标准Sanger测序的一致性超过99%，并通过研究证明，重复性和可重复性大于99%，具有极高的准确性和精确性，并能保证安全性和有效性。
Tandy-Connor 也指出，此次研究结果同样突出了对 DTC 基因检测结果进行验证确认的必要性。随着基因技术的发展，未来 DTC 基因检测的准确性能够有大幅提升，但在这个过程中，有关去伪求真的讨论不应该停止。

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