目前较为普遍的几种基因测序方法的优劣

千姿百态

| PCR

1、等位基因特异性PCR

优点：敏感性 - 需要突变存在1-5％。无需特殊设备。

缺点：目标特异性，无法检测到可能存在于肿瘤DNA中的其他突变。

2、数字PCR - ddPCR

优点：高水平的敏感性和特异性; 相对便宜。

缺点：只能检测已知的有针对性的突变 ; 受限于检测到的突变类型; 每个测定只能检测到有限数量的突变。

| 荧光原位杂交 - FISH

优点：轻松检测基因 拷贝数变化和有针对性的SV，这些SV不易被其他方法检测到; 基于细胞的成像可以检测一小部分细胞中的事件。

缺点：需要石蜡包埋组织未染色的切片; 无法检测到实体瘤肿瘤中发生的大多数突变类型。

| 一代测序：Sanger双脱氧测序

优点：可以检测到各种未知的突变。如果首次从样本中提取融合转录物的RNA，可用于检测基因融合。无需特殊设备。

缺点：劳动强度大，需要突变DNA存在20-25％。无法检测到外显子或基因 拷贝数的变化。

| 二代测序

1、新一代测序-扩增捕获

优点：能够同时检测单个碱基替换以及更复杂的突变，包括单次测定中许多基因中的重复，插入，缺失和插入缺失；需要少量的DNA。当测序到高“覆盖深度”（1000x覆盖率）时，测定对于检测低丰度突变是敏感的。

缺点：昂贵；需要一种完全不同于其他分子检测方法的DNA制备方法。无法检测基因 拷贝数变化和SV。

2、新一代测序 - 杂交捕获

优点：能够同时检测单个测定中许多基因中的替换，重复，插入，缺失，插入和外显子和基因 拷贝数变化。探针也可以设计为捕获经常重新排列的基因中的选择性易位断点，如FoundationOne TM。

缺点：昂贵；需要与传统上用于其他分子突变测定的完全不同的DNA制备方法；需要更多的肿瘤组织；需要复杂的生物信息学。

3、新一代测序 - 全外显子组测序

优点：综合性中等。在同一检测中，可同时检测许多基因中的替换，重复，插入，缺失，插入和外显子和基因 拷贝数变化。

缺点：昂贵；需要完全不同于传统上用于其他分子突变检测技术的DNA制备方法；需要更多的肿瘤组织；需要复杂的生物信息学。

4、新一代测序 - 全基因组测序

优点：最全面。可同时检测整个基因组中的替换，重复，插入，缺失，插入，基因和外显子拷贝数变化以及染色体反转和易位。

缺点：昂贵和低产量；需要完全不同于传统上用于大多数突变检测技术的DNA制备方法；需要更多的肿瘤组织；需要复杂的生物信息学；对数据存储和处理有巨大的计算需求。

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