NB-seq项目：探索新生儿代谢疾病！

检验之星

上周，美国大学医学遗传学和基因组学年会（ACMG）成功召开。来自加利福尼亚大学旧金山分校的Robert Nussbaum教授在大会上，向大家展示了一个应用高通量外显子组测序技术辅助筛查新生儿代谢性疾病的新项目。

近期，Nussbaum的团队推出了一个名为“Newbie Seq”（NB Seq）的项目,旨在探索新生儿代谢性疾病。通过将测序数据和质谱结果结合起来，希望能够降低代谢性疾病检测的假阳性率。NB Seq已经成为美国国家卫生研究院(NIH)的基因组测序项目和新生儿疾病筛查研究项目。

在一般情况下,筛查先天性代谢异常是采用串联质谱技术，检测与脂代谢异常相关的十多个氨基酸和28 种酰基肉毒碱。虽然质谱分析技术成熟，但是假阳性率较高一直是个问题，尤其是对于那些出生体重低和/或早产的婴儿。即使是对无遗传疾病，但住进新生儿重症监护室的婴儿来说，质谱检测的假阳性率也非常高。因此Nussbaum团队认为，可以将测序应用到代谢性疾病的复检中，以降低假阳性率。

Nussbaum教授一直很看好测序在代谢性疾病筛查中的应用前景。利用测序技术，可以用低廉的价格获得高通量的结果,同时以较低的假阳性率筛查出尽可能多的高风险患者，进而用于后续的分析。

为了评估测序筛查这种方法的准确性，研究人员从加州公共卫生部门获得了1600份儿童血斑样本(无个人身份信息)。他们推断，通过测序手段对新生儿监护病房的儿童进行筛查，或许可以发现代谢疾病相关的基因。同时做质谱和测序来筛查新生儿代谢性疾病，除了可以降低假阳性率，在理论上，两种类型的数据还可以用于调整筛查算法。

NBSeq项目中，研究者计划对有代谢性疾病或没有代谢性疾病以及通过质谱得到假阳性或假阴性结果的儿童(无个人身份信息)的血斑进行全外显子测序。主要针对250个基因进行分析，这250个基因包括44个主要的与代谢疾病相关的基因，以及数百个通过通路分析发现的基因。

虽然，最初的变异分析时，采用双盲的策略(分析者不知道受检者的表型信息)。但是该团队决定，将国家公共卫生部门后期提供的表型信息和基因型信息结合起来。

随着对测序研究的深入，该团队希望能够清楚地知道哪些变异与哪些代谢异常或与哪些表型相关。

来源：测序中国