一种诊断原发性免疫缺陷病的新方法

千姿百态

在临床实践中，原发性免疫缺陷病（PID）的准确诊断通常很困难，因为临床症状多样且当前的诊断过程复杂。为此，瑞典乌普萨拉大学等机构的研究人员开发出一种新的测序捕获分析，能够作为一线检测，来诊断引起PID的突变。这项研究成果近日发表在《PLoS ONE》上。


乌普萨拉大学Mats Nilsson领导的研究团队利用安捷伦的HaloPlex技术和Illumina测序，创建出一个179个基因的集合来分辨33名个体的突变状态。Nilsson及其同事写道，这种分析能够找到78%患者的缺陷基因或突变。


原发性免疫缺陷病是一组由免疫系统的遗传缺陷而引起的疾病，大约有200多种，其特点是严重、反复出现且危及生命的感染。目前的检测方法包括细胞毒性分析和流式细胞术。


遗传检测能协助医生确定治疗策略。然而，与PID相关的基因有200多个，往往不太清楚应当检测哪些基因。不同基因中的突变可能导至类似的表型，而相同基因中不同部分的突变却可能出现不同的表型。重要的是，实验室认证的检测有时只覆盖一小部分致病基因，因此检测需要被分到不同的实验室。


如今，通过新一代测序，多重诊断分析允许对多个基因同时进行分析。Nilsson认为，这也许是诊断变异的最便宜方法。不过，他也指出，这些基因之外的致病变异就无法被发现。


研究人员利用QIAGEN的FlexiGene DNA Kit从全血中提取DNA。对于某些患者，血液也利用PreAnalytix的Paxgene Blood RNA采血管来采集。然后他们利用Paxgene Blood RNA Kit来提取RNA，其中500 ng用于罗氏First-strand cDNA synthesis for RT-PCR的cDNA合成。研究人员设计出靶向富集分析，覆盖与PID相关的179个基因的所有外显子。随后由GATC Biotech在Illumina的GAIIx系统上开展高通量测序。


研究人员能够将一些病因不明的病例与已知的基因突变相匹配。两名个体带有STAT3基因的突变，两名带有lambda 5（IGLL1）基因的突变，还有一名带有RNF168基因中的两个不同突变。


根据这项研究的结果，作者建议PID的诊断分两个阶段：首先使用相对便宜且快速的靶向分析，它能解释大多数疾病，之后对此分析不能分辨的病例进行全外显子组或全基因组测序。


作者指出，第二代分析技术让诊断PID的多重检测更加有用。利用第二代HaloPlex设计，99.5%的目标区域被覆盖，而现有分析为98.6%。再加上更好的序列覆盖度和读取深度，这将大大改进分析的性能。

来源：生物通

lxuanyil

很好的文章，感谢分享