宏基因组学测序技术在成人医院获得性肺炎中的临床应用专家共识

营养师

近日，“宏基因组学测序技术在成人医院获得性肺炎中的临床应用专家共识”在《中国急救复苏与灾害医学杂志》发布。该共识由中国医学救援协会重症医学分会组织的部分专家撰写，每一条共识基于使用mNGS后的结论所得，尽力使得mNGS技术能更好的在HAP患者中发挥作用，下面我们来深度解析mNGS技术在HAP中的专家共识。


01，检测流程部分共识
共识 1：建议 HAP 患者开展 mNGS 检测时，最好采集支气管肺泡灌洗液或者气道抽吸物。
共识 2：建议 HAP 患者如存在免疫功能低下、基础疾病严重或病情危重时，且在经济允许的情况下，进行微生物培养送检的同时开展 mNGS 检测。
共识 3：在流感病毒、冠状病毒等 RNA 病毒流行期间，建议HAP患者开展宏基因组检测时，首选 DNA 和 RNA 检测项目。
共识 4：建议 HAP 患者开展 mNGS 检测时，要求相关实验室测序数据量至少保证 10 M 以上。
共识 5：建议 HAP 患者开展 mNGS 检测时，临床检测报告中要体现内参和对照品的检测合格性。
共识 6：建议 HAP 患者开展 mNGS 检测时，检测结果要结合基础疾病史、临床其他检测结果综合考虑。
从共识1-6可以看出HAP患者开展mNGS检测时的采样及对实验室的要求均较严格，主要为下呼吸道感染居多，但不排除RNA病毒感染，相对应的《下呼吸道感染(LRTI)宏基因组二代测序报告临床解读路径专家共识》中也有对呼吸道标本进行比较，包括痰（含诱导痰）、气管吸引物、支气管肺泡灌洗液（BALF）、经支气管肺活检（TBLB）标本、经支气管内超声（EBUS）活检标本、经皮肺穿刺活检标本、血液等，发现支气管肺泡灌洗液或者气道抽吸物为较理想的送检标本，应用痰或气管内吸引物用于mNGS检测应严格掌握适应证而且仅限于高质量的合格标本。原则上，合格痰标本仅限用病情严重、无法耐受有创性标本采集方法的患者(如未建立有效人工气道的呼吸衰竭患者，有显著出血风险的患者等，而气管内吸引物标本限用于已经建立人工气道、但不能耐受支气管镜检查的重症患者。
BALF是常用的、比较理想的检测标本，需要重点关注的是标本采集过程的规范化和风险，对于呼吸衰竭患者或有潜在呼吸衰竭风险患者，建议在建立人工气道，进行有效通气支持的情况下采集BALF标本。
当支气管镜检查发现明确的黏膜感染性病变时，活检标本在送病理组织学检查的同时送检微生物mNGS。
采用TBLB标本进行mNGS的敏感度和特异度与BALF并无区别，但操作更为复杂，风险更大。
虽然经皮肺穿刺活检标本进行mNGS检测时的阳性率并不高于BALF，对于肺外周病变，经皮肺穿刺活检标本的检测结果较好，特别是怀疑非典型病原体感染或特异性感染(如真菌或分枝杆菌)时。
肺炎旁胸腔积液可作为微生物mNGS检测的首选标本之一，其优势在于致病微生物载量高，非致病性微生物干扰小，操作简便，风险小，需要注意的是脓胸时的人源核酸干扰会降低其阳性率。
02，解读部分共识
共识 7：建议 HAP 患者开展 mNGS 检测时，如检测到多种细菌时，需要考虑混合感染，同时结合临床表现综合考虑主要感染源。
共识 8：建议 HAP 患者开展 mNGS 检测时，如检测到毒力基因，需要重点考虑高毒力肺炎克雷伯菌，如检测到耐药基因，避免使用耐药基因对应的抗生素，但可以通过药敏试验对耐药基因进行验证。
共识9：建议 HAP 患者开展 mNGS 检测时，如患者为严重的粒细胞减少或严重的细胞免疫缺陷继发 HAP 时，除重点关注一般细菌外，真菌、病毒和胞内菌等机会性感染也需重点关注。
共识 10：建议 HAP 患者开展 mNGS 检测时，如检测到嗜肺军团菌，需要考虑是否存在院内供水污染等情况。
共识 11：建议 HAP 患者开展 mNGS 检测时，如检测到支原体和衣原体，需要考虑是否存在院内污染。
共识 12：建议 HAP 患者开展 mNGS 检测时，如检测到常见的口腔定植菌，需要考虑是否存在机械通气和误吸等情况。
共识 13：建议 HAP 患者开展 mNGS 检测时，如患者有持续性严重的免疫缺陷症如艾滋病、中性粒细胞减少症等，检测到真菌且针对用药无效时，需要结合流行病学情况等考虑真菌耐药的可能。
共识 14：建议 HAP 患者开展 mNGS 检测时，如检测到常见的呼吸道相关病毒时，结合该病毒流行病学情况，同时关注患者是否存在流行病学接触史，参考血清 IgM 抗体和 IgG 抗体的情况综合考虑。
共识 15：建议 HAP 患者开展 mNGS 时，如果检测结果为阴性，可以针对临床可疑的微生物进行 PCR 验证，同时阴性结果对于排除感染具有较好的阴性预测意义，但需要结合其他检测结果综合考虑。
解读部分共识7-15是对HAP患者常见感染的说明，下面主要为常见HAP患者感染的微生物及口腔定植菌等，对于检测结果均需要结合临床进行解读，才能最贴切患者的症状，及形成患者最明确的治疗方案。如图为常见条件致病微生物和口腔定植微生物，主要为HAP患者主要感染源，故在临床解读中建立条件致病菌的基线尤为重要。同时耐药基因和毒力基因的检测对于临床判读具有借鉴意义。




综上本共识旨在促进mNGS 在医院 HAP 诊疗中的合理应用，同时参考其他专家共识建立实验室符合需求的平台及参数.
作者：李贻林（达瑞生物）
原文：
引用
[1] 中国医学救援协会重症医学分会.宏基因组学测序技术在成人医院获得性肺炎中的临床应用专家共识[J].中国急救复苏与灾害医学杂志,2023,18(05):561-568.
[2] 中华医学会呼吸病学分会. 下呼吸道感染宏基因组二代测序报告临床解读路径专家共识[J].中华结核和呼吸杂志, 2023, 46(4): 1-14.

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