如何利用数据分析在线预测蛋白质的三维结构？

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今天已经周四啦，上海的天气又冷了，零下了都，地面上的水都已经结冰了嘞，还好下周又十几度了，上海对我们还是有点子仁慈在的，谢天谢地。
怀着感恩的心，我们就一起来学习下今天的内容吧：如何利用数据分析在线预测蛋白质的三维结构呢？

第一步呢，我们可以需要先目标基因的氨基酸序列，具体操作如下：
1.确定该目标基因的转录本名称”在NCBI网站中选择“protein”，输入转录本名称，如下图，输入”NP_001092423.1"，点击“FASTA",复制粘贴得到蛋白质氨基酸序列，






然后我们再点开，在线预测蛋白三级结构网站----”SWISS-MODEL（http://espasy.org），创建一个modeling，按下列步骤提交任务：
在文本框中输入目标蛋白氨基酸序列，”proteoin“中输入本次任务的命名，最后填入自己的邮箱，分析结果会发送到该邮箱中，不需要在线等待结果。


第三步就可以做结果分析啦，


GMQE ：GMQE（全球模型质量估计）是一种结合目标-模板对齐方式和模板搜索方法的属性的质量估计。所得的GMQE分数表示为0到1之间的数字，反映了使用该对齐方式和模板构建的模型的预期准确性以及目标的覆盖范围。数字越高表示可靠性越高。
QMEAN：该模型的得分可与相似大小的实验结构所期望的得分相媲美。0值附近的QMEAN 得分表明模型结构与相似大小的实验结构之间具有良好的一致性。分数为-4.0或以下表示模型的质量较低。
Models


点击相机按钮，下载png格式。
好滴，今天的分享就到这里咯。有相关问题，或对多组学感兴趣的老师，可以直接私信我呀！^_^

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