小个头大内涵的单细胞测序研究盘点

检验之星

近几年来，基于单细胞测序技术的科学研究取得了突飞猛进的发展，其成果有望为一些重要的生物学问题提供新的解决方案。测序君盘点了2015年的单细胞测序研究成果，供大家查阅。

• 《Science》：瑞典卡罗林斯卡学院的科学家们的单细胞测序研究。该研究生成了有关皮质细胞类型以及细胞内活化基因的详细图谱。研究小组利用单细胞测序技术检测了3000多个细胞，并发现了一些迄今未知的细胞类型。
  Cell types in the mouse cortex and hippocampus revealed by single-cell RNA-seq
• 《Science》：Cellular Research公司的研究人员发明的新型单细胞基因表达检测技术，利用细胞和分子特异性条形码，可在成千上万甚至数十万细胞中一次研究大量的基因。研究论文还报告了利用这一技术获得的来自各种类型造血细胞的数据。
  Combinatorial labeling of single cells for gene expression cytometry
• 《Nature Communications》：华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室玉米团队发展了一种简单可行的方法，成功分离出玉米四分体的四个小孢子，并提取其完整DNA。首次实现了植物单细胞全基因组测序。
  Dissecting Meiotic Recombination based on Tetrad Analysis by Single-Microspore Sequencing in Maize
• 《Genome Biology》：美国MD安德森癌症研究中心和德克萨斯大学休斯敦健康科学中心的研究人员开发出一种新型单细胞外显子组测序方法SNES。
  SNES: single nucleus exome sequencing
  
  

• 《Nature Communications》：美国俄勒冈健康与科学大学（OHSU）、斯坦福大学和瓦伦西亚大学的研究人员认为，利用单细胞基因分析和无创成像的先进技术检测胚胎，能够在受精卵细胞发育第一阶段的30分钟内检测到胚胎中染色体异常现象，提高体外受精成功率。
  Prediction model for aneuploidy in early human embryo development revealed by single-cell analysis.Vera-Rodriguez M, et al. Nat Commun. 2015 Jul 7.
• 《Genome Biology》：北京大学生物动态光学成像中心研究开发出一种单细胞通用的、poly(A)-独立的RNA测序（SUPeR-seq）方法，来测定单个细胞的多腺苷酸RNA和非多腺苷酸RNA，该方法表现出稳健的敏感性和准确性。
  Single-cell RNA-seq transcriptome analysis of linear and circular RNAs in mouse preimplantation embryos.Fan X,et al.Genome Biol. 2015 Jul 23.
• 《PNAS》：北京大学研究人员开发出了一种基于乳液的扩增方法，来抑制扩增偏移检测单细胞拷贝数变异（CNV），同时以高精确度检测单核苷酸变异（SNV）。这一方法能够与各种扩增实验方案包括广泛使用的多重置换扩增（MDA）相兼容。
  Uniform and accurate single-cell sequencing based on emulsion whole-genome amplification. Fu Y, et al. Proc Natl Acad Sci U S A. 2015 Sep 4.
• 《Cell Stem Cell 》：Wellcome基金Sanger研究所和欧洲生物信息研究所（EMBL-EBI）的研究人员利用单细胞RNA测序技术，发现了参与干细胞调控网络的新基因，以及新的细胞亚群，有助于深入了解干细胞多能性——成为几乎所有不同类型细胞的能力。
  Single Cell RNA-Sequencing of Pluripotent States Unlocks Modular Transcriptional Variation
• 《Nature Biotechnology》：欧洲分子生物学实验室（EMBL）的研究人员发明了新单细胞RNA-seq方法。利用这种方法，研究“基因在一个给定组织中如何表达“的科学家们，现在可以在细胞分辨率上同时检测成千上万个基因。
  High-throughput spatial mapping of single-cell RNA-seq data to tissue of origin
• 《PNAS》：斯坦福大学的研究人员对近500个成人或胎儿脑细胞进行了单细胞RNA测序。利用这种方法，能够鉴定出大脑中所有主要的细胞类型，并确定神经元的亚型。研究人员还观察了神经元从早期发育到后期分化阶段的变化。
  A survey of human brain transcriptome diversity at the single cell level
• 《Genome Biology》：英国威康信托基金会桑格研究所、剑桥大学、上海交通大学等处研究人员采用单细胞转录组分析，来解析造血干细胞（HSCs）的分子异质性。这项研究论证了单细胞转录学用于解析干细胞区室中的细胞过程和谱系异构性的效用。
  Single-cell transcriptomicre construction reveals cell cycle and multi-lineage differentiation defects in Bcl11a-deficient hematopoietic stem cells
• 《Nature》：荷兰科学家利用一种新的计算方法结合转录组测序，发现了小肠中一些罕见的细胞类型，这对于深入了解器官的细胞组成，探究健康和疾病状态下的组织生物学具有重要意义。
  Single-cell messenger RNA sequencing reveals rare intestinal cell types
• 《Nature Methods》:美国冷泉港实验室的科学家，发表了一种新的交互式分析程序Gingko，可减少单细胞分析的不确定性，并提供了一种简单的方法，可视化细胞群体之间拷贝数突变的模式。
  Interactive analysis and assessment of single-cell copy-number variations
• 《Nature Methods》：一项被称为G&T-seq（Genome and Transcriptome Sequencing）的新测序方技术，能够实现大规模的DNA和RNA平行测序，同时展现单个细胞的基因组序列和基因活性。研究人员可以通过G&T-seq更好地理解肿瘤中的癌细胞多样性。
  G&T-seq: parallel sequencing of single-cell genomes and transcriptomes. Macaulay IC, et al. Nat Methods. 2015 Apr 27.
• 《Scientific reports》：南方科技大学研究人员从多个角度解析了三种最常用的单细胞基因组扩增方法。经过仔细的比较，MALBAC和genomeplex WGA4的方法在拷贝数变异检测方面明显优于MDA的方法。
  Quantitative assessment of single-cell whole genome amplification methods for detecting copy numbervariation using hippocampal neurons
• 来源：测序中国