CACLP下的三代测序发展现状

2025年杭州大会展中心CACLP告一段落，有人反馈CACLP有点像生物行业的赶大集，各家各户把体面的东西放在台上供观众观摩、挑选、交流，当场“购买度”不高，私下大佬维护的倒是不少。

不过，笔者今天只讲1个板块：三代纳米孔测序，顺便提及下新起之秀watchmaker。

如果将三代纳米孔测序进行分类，可以分为3大类别，第一类：纯纳米孔测序，如Oxford Nanopore、齐碳科技、华大序风、普译生物、梅丽科技（未在CACLP上单独看到）；第二类：滚环+纳米孔测序，如安序源、今是科技；第三类：延展式纳米孔测序，如Roche。

对于纳米孔测序技术，各家公司也有众多专利可以参考，如illumina和Oxford Nanaopore。其主要原理如下（也可搜图中参考文献了解马达蛋白相关信息）：    

首先，我们简单说下第一类三代纳米孔测序企业产品。

先说说华大序风。    

相较于齐碳，华大序风成功上市时间是2024年9月9日（华大成立25周年之际），其芯片蛋白是源于深海项目筛选和表达。今年1季度也陆续推出CycloneSEQ关联系列，将通量提升至400Gb/芯片，在技术上的突破碾压其它国产品牌。这也依靠于华大董宇亮在马达蛋白方面的深耕。

据了解，华大纳米孔系列测序仪器配套的湿实验产品以外部供应商为主，但其营销注重仪器和耗材。其湿实验外部供应商有诸如其推荐的Takara、对标Oxford Nanopore的NEB、Enzymatics、诺唯赞、翌圣等品牌。

其芯片的特征有如下几点（截止今天了解的信息，如有其它信息欢迎留言补充）：

1. 稳定性：4℃存放1个月时间，如存放时间超过1个月，有效孔数大概到60%左右，其对运输也有一定的要求。

2. 芯片重复使用次数：据了解芯片可以清洗3-5次重复使用。

3. 多场景应用：如NIPT、转录组等方面。

再说说齐碳科技。

齐碳科技依附于清华研发天才团队，是国内第一家做纳米孔测序的企业。早在新冠期间就实现了产品的上市和应用。仪器系列支持单张芯片和多张芯片的需求，也因新冠原因，和政府及疾控的项目合作愈发成熟，产品得到更广泛的测试和应用。

然后说下普译。    

虽然普译推出的产品是最晚的，但奈何其马达蛋白团队核心人物黄亿华在去年华大上市Cyclone时也被请去。可见创始团队不一般。目前了解普译的测序仪和实验试剂是整套的解决方案，且在第三方机构测试，分别对比Oxford Nanopore、WT-02、齐碳科技共3家的比较，在数据性能和稳定性上更胜一筹。另外，普译依托万孚，相信借助万孚的临床资源，普译的产品测试多场景化的机会也会在短期提升起来。

第一类纳米孔测序企业还有梅丽科技和孔确基因，截至今天了解梅丽科技的产品已与安图思昆合作，在去年2024年4季度成功投放到新疆疾控。

尽管都是纯纳米孔测序的技术原理，在对外宣传都声称芯片可以清洗5次重复使用，也期待在这块有更多的应用数据信息呈现。

接下来讲讲第二类纳米孔测序仪器。

首先是安序源。    

安序源将Pacbio的成环方式嵌合到纳米孔测序中，即发挥成环测序的相互校准，又通过纳米孔电信号方式采集信号，结合2种技术的优势得以应用。

其测序芯片对外宣传有2个优势：（1）芯片重复使用6次，即可以清洗5次芯片；（2）测序时加入人工膜等相关试剂，降低纯纳米孔测序的人工膜的不稳定性问题。

根据其测序原理，不难看出其将dNTP做了修饰，以其释放信号采集测序碱基。但从湿实验端，需要将文库成环，长片段成环效率也是文库丰富度是否被限制的体现。尽管安序源对外说明其湿实验产品将在2025年3季度上市，但还是很期待其早期测试的结果。（据了解其可能也是Roche在中国本土选择的一家三代测序公司）。

再者，来说说今是科技。    

今是科技的产品原理和安序源基本类似。不同之处在于今是科技选择在测序芯片上降低成本：即一次性使用耗材，不需要重复使用。从设计上看是把最不稳定的人工膜问题解决了，但仪器设备也相对纯纳米孔测序仪器大了不少。

第三类延展+纳米孔测序的Roche，目前未了解到对外的仪器和产品。但其内部人士透漏2026年Roche携三代测序仪器+试剂一同走向市场。    

对于上述三代测序仪器，除了关键的测序信号采集，湿实验的文库制备也是关键，尤其是提取、长片段链接和长片段PCR扩增。

早在2024年4月份，一篇名为《Identifying the best PCR enzyme for library amplification in NGS》的文章出来，引起业界轰动。常规选择高保真酶无外乎KAPA的2G和NEB的Q5，但在验证实验中发现该2款酶的GC覆盖均一性、产出方面都是欠缺的，反而是watchmaker的更优。    

因此，我们简单讲下Watchmaker这家公司的信息。创始人来自KAPA和Enzymatics，可想这是个天炸团队，NGS的产品的开拓者。

在中国这个同质化且价格低廉的市场下，去年watchmaker走高端路线把控TOP企业客户，实现千万营收。按Thermo和NEB（兄弟公司CST）在中国市场的策略，Watchmaker或许走中国科研前沿市场和下沉路线，一方面能够将企业TOP的应用数据案例说服科研市场（能降低很大的宣传力度），另一方面以产品力+团队+品牌营销在本土化方面实现快速融合（因其国内团队深耕国内市场10余年）。2025年即将是watchmaker在中国生根的关键时刻。

（好消息：Watchmaker与何川合作商业化甲基化TAPS也将刺激中国国内甲基化市场，据去年甲基化国产营收在500万，数字取自国内TOP5企业）    

专利

CN109219664A-双色纳米孔测序

CN117999360A-纳米孔测序

WO2020113581A1