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[视频学习] NCBI数据库一些使用上的简单介绍,希望对刚接触的人有一些帮助

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发表于 2018-11-13 11:07:00 | 显示全部楼层 |阅读模式

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1.GenBank(NIH遗传序列数据库):一个可以公开获得所有的DNA序列的注释过的收集。GenBank是由NCBI受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库(EMBL和DDBJ)交换数据建立起数据库的。它同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。这三个组织每天交换数据。其中的数据以指数形式增长,最近的数据为它已经有来自47000个物种的30亿个碱基。

2Molecular Databases(分子数据库):

Nucleotide Sequence(核酸序列库):从NCBI其他如Genbank数据库中收集整理核酸序列,提供直接的检索。

Protein Sequence (蛋白质序列库):与核酸类似,也是从NCBI多个不同资源中编译整理的,方便研究者的直接查询。

Structure(结构)-—— 关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划,另外也可以访问三维蛋白质结构的分子模型数据库(MMDB)和用来搜索和显示结构的相关工具。MMDB:分子模型数据库 — 一个关于三维生物分子结构的数据库,结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。

Taxonomy(分类学)——NCBI的分类数据库,包括大于7万余个物种的名字和种系,这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋白序列。其目的是为序列数据库建立一个一致的种系发生分类学。

3.Literature Databases(文献数据库)

1PubMed是NLM提供的一项服务,能够对MEDLINE上超过1200万条的上世纪六十年代中期至今的杂志引用和其他的生命科学期刊进行访问,并可以连接到参与的出版商网络站点的全文文章和其他相关资源。

2PMC/PubMed Center:也是NLM的生命科学期刊文献的数字化存储数据库,用户可以免费获取PMC的文章全文,除了部分期刊要求对近期的文章付费。

3)OMIM(孟德尔人类遗传):有关人类基因和无序基因的目录数据库由Victor A.McKusick和他的同事共同创造和编辑的,由NCBI网站负责开发,其中也包括对MEDINE众多资源和Entrez系统的序列记录,以及NCBI中其他有关资源的链接。

4)Books:NCBI的书库不断收集生物医学方面的书籍,提供这些书籍的出版信息、摘要、目录和全文的连接,用户可以直接在检索文本框内输入一个观念就可以查询。

4NCBI提供的附加的软件工具有:

开放阅读框寻觅器(ORF Finder),电子PCR,和序列提交工具Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以从WWW或FTP来获得。NCBI还有E-mail服务器,提供用文本搜索或序列相似搜索访问数据库一种可选方法。 NCBI网站上还提供了一些诸如研究热点问题、研究小组情况、教育培训、联系方式等信息,还提供了到NIH、NLM等的链接。

使用方法:

用户可以免费登陆NCBI的网站,NCBI为使用者提供了方便的检索系统和检索方法:

1.Entrez是NCBI为用户提供整合所有数据库的访问序列,定位,分类,和结构数据的搜索和检索工具系统,同时也提供序列和染色体图谱的图形视图。用户进入系统或者进入任意一个数据库,都会看到简单检索的界面,选择数据库输入关键词即可进行查询。Entrez也提供条件限制和高级检索、布尔逻辑查询。使用新的Linkout服务,外部资源可以被链接到Entrez记录。

2.BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序,还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。BLAST能够在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。
NCBI Education

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/tutorials/
网址详情:
这是NCBI在线教育资源的索引页,从这里出发你会找到NCBI提供的教学资源,这些教程不仅囊括了NCBI网站提供的最常用的工具和数据库(BLAST, Entrez, PubMed, NCBI News,Resource publications ,Map Viewer exercises,Structure ,NCBI Handbook)的使用方法和信息,还有一些相关的分子生物学的基础入门知识(NCBI science primer...)。
教程大多不仅有文字图片还有动画,直观易懂,目的就是一个让大家尽可能快而有效的掌握好NCBI的使用,在这个聚宝盆里淘到真金。

当然您如果想对所有NCBI的数据库和工具有更透彻深入的了解,请绝对不要错过共24章的NCBI手册(NCBI Handbook)

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